วิหารหลักที่ใช้สำหรับประกอบพิธีกรรมต่าง ๆ เป็นสถาปัตยกรรมแบบกงเก็นสึคุริของชินโตที่มีขนาดใหญ่ที่สุดในญี่ปุ่น เมื่อครั้งอดีตพระสงฆ์เดินทางขึ้นไปบนภูเขาไดเซนเพื่อฝึกปฏิบัติสมาธิ จึงได้มีการสร้างเรือนสักการะแบบเรียบง่ายขึ้นมาเพื่อใช้เป็นโรงฝึกปฏิบัติสมาธิดังกล่าว นั่นคือจุดเริ่มต้นของวิหารแห่งนี้

จากนั้นได้มีการแยกวิหารหลักของศาลเจ้าไดจิเมียวกงเก็นออกมาจากวัดไดเซน ตามคำสั่งปฏิรูปศาสนาช่วงต้นยุคเมจิที่ให้แยกศาสนาพุทธกับศาสนาชินโตออกจากกัน จึงกลายมาเป็นศาลเจ้าโอกามิยามะโอคุมิยะในปัจจุบันนั่นเอง

ทางเดินเข้าศาลเจ้าระยะทาง 700 เมตรที่ปูด้วยหินธรรมชาติ วิหารหลักที่สร้างด้วยสถาปัตยกรรมแบบกงเก็นสึคุริของชินโต และความงดงามของไม้จันทน์หอมเคลือบผิวในเรือนสักการะ สามสิ่งนี้ถือว่ามีขนาดใหญ่ที่สุดในประเทศญี่ปุ่น